顯示具有 新聞快閃 標籤的文章。 顯示所有文章
顯示具有 新聞快閃 標籤的文章。 顯示所有文章

20200823

偽陰偽陽偽什麼?

一個彰化衛生局的不當篩檢, 讓台灣對於武漢肺炎的防疫策略吵翻天.
政治上的風暴就先不管, 不過有些科學名詞不試著釐清, 可能會導致兩邊吵翻天都不知道在吵什麼.
其中最常見的就是所謂的"偽陰性' (False negative)和"偽陽性"(False positive)

從字面上來看, 偽陰性, 就是"本來不是陰性, 測得的結果是陰性"; 反之, 偽陽性, 就是"本來不是陽性, 測得的結果是陽性". 簡單明瞭, 打完收工.

但是, 話若要講透支, 目屎就撥未離

有些普篩派認定, 怕有偽陰偽陽, 那就多做幾次, 確認後再出報告就好.

代誌不是傻人想的那麼簡單

偽陽性的產生或許可以經過多做幾次就降低發生率, 但是偽陰性的產生就不是多做幾次可以解決的了. 這在統計學上早就已經是公認的了, 因為我的生統也沒學好, 所以在這裡就先跳過數學的部分, 我們可以就實際上的篩檢方式, 來看看偽陰性和偽陽性是怎麼發生的.

先拆座壂 先講原理
目前SARS-CoV-2病毒的檢測是以RT-PCR為主, 抗體反應為輔.
RT-PCR是檢測病毒RNA的量, 針對的目標是病毒本身. 而抗體反應則是檢測人體的免疫系統在感染病毒後產生的免疫球蛋的量, 針對的是人體反應. 一般認為RT-PCR的"準確率"會比抗體反應高, 所以大多以RT-PCR做為確診的判斷依據.

RT-PCR的原理是先找到這個病毒一段具有"特異性"的序列. 然後用帶有螢光標記的"引子"(primer)去和這段序列結合並且複製這段序列, 使這段序列的數目增多, 然後用螢光的強度去定義序列的量, 等到螢光強度超過芋個"人為設定"的值之後, 就回推計算其病毒序列原始濃度. 

抗體反應則比較簡單, 利用抗原抗體的結合力高, 在抽血的樣本中, 加入帶螢光的抗原, 再計算有結合的抗原螢光強度, 就可以確認其抗體濃度.

而這兩種方法的科學原理都是基於化學上的分子-分子結合能力

而我們知道, 分子和分子的結合能力永遠不可能是 100%

在這裡就會出現造成偽陰性和偽陽性的原因

很多分子生物檢驗的操作者會以為只要RT-PCR的檢測是陽性, 那該檢體一定是陽性, 有些比較頂真的還會多做一兩次來確認. 然而, 基於化學分子特性, 分子生物檢驗的結果, 必然會有偽陽性, 而且不會因為你做的次數多而消失. 因為一個引子和一段序列在結合的時後, 其反應為一個化學平衡, 就算是完全不互補的序列, 也會因為部分分子間氫鍵或是疏水性(hydrophobicity)作用力的作用而結合, 而其中氫鍵結合也正好是引子和序列的結合方式. 這種反應和人為的操作相關性非常小, 而是和化合物本生的特性直接相關, 因此, 偽陽性雖然可以經由增加檢測次數而降低的. 但是不會消失.

偽陰性的來源從分子間作用力來解釋, 則是反應機率和閥值設定的問題. 當反應物, 例如病毒DNA, 的濃度低到一定程度, 分子碰撞機率就會減少, 因此會使得引子和序列的複製反應延遲發生, 那麼就會讓RT-PCR的delta-CT值增加, 這時候會有些撿驗機關把delta-CT的閥值提高來降低偽陰性的發生, 但是這種做法同時會增加偽陽性的機率.

偽陰性和偽陽性是不可避免的, 當你提高準確度, 減少偽陽性的時候, 就會增加偽陰性的發生; 而當你提高敏感度減少偽陰性的時候, 就會增加偽陽性的發生. 

這是科學

至於彰化衛生局的葉彥伯, 你還是回去重上生統和PCR原理吧

20170105

勞基法之平匡必須死

最近有一齣很紅的日劇 "月薪嬌妻"
日文的原名是"逃避可恥但有用" (逃げるは恥だが役に立つ)
主角是 結衣...
(聽說要增加點擊率就要放照片)(那只好盜圖了)
(圖片取自網路)

20151119

陳建仁論文事件平議

2016年總統選舉,民進黨蔡英文宣布副手人選為中研院副院長陳建仁.在宣布後不到二十四小時內,國民黨的抹黑部隊兼不分區立委搶攻部隊就開始針對陳建仁在2007年以共同作者身份在Cancer期刊上發表的一篇論文,指稱有抄襲的嫌疑,不適合擔任國家領導人.
在這裡,我以一般研究人員的角度,簡單分析一下這件事情的原委.

20150605

死刑不能阻嚇犯罪,公平而令人信服的司法才可以阻嚇犯罪.

因為
所以
結果

先說結論: 死刑不能阻嚇犯罪,公平而令人信服的司法才可以阻嚇犯罪.

20150419

遊民 和 文化

事情要從這一個新聞談起

上次我去到龍山寺, 我兒子問我, 
為什麼這些人都髒髒的? 
為什麼他們都聚要在這裡?

我思考了一下, 我是這樣回答的.
"因為龍山寺是一間很重要的廟"

20141027

如果正義將飼料油提煉到符合食用油的標準,魏應充犯了什麼刑事罪?



是說有人問了這個問題, 然後一時手癢就寫了一堆.
想說既然寫了, 就貼一貼好了....

如果頂新可以把餿水油純化到和食用油一樣, 那犯了什麼罪?
至少是詐欺罪.
那還有其他的罪嗎?





20140914

柯P不是一個聰明的人


寫完這個標題, 先模擬一個酸民對話.
我:柯P不是一個聰明的人
酸:啊你是什麼東西? 你考得上台大醫科嗎? 你智商有柯P的三分之一嗎? 你憑什麼說柯P不是一個聰明的人?
我: 我考不上台大醫科; 我的智商不到柯P的三分之一, 甚至我不是東西, 但是柯P的確不是一個聰明的人.
我不是說柯P不聰明. 而是我認為,
柯P根本不是人....(白冰冰上身貌)


20140805

丙烯

2014年7月31日 高雄發生氣爆意外, 造成28死, 2失踪, 200餘人受傷.
意外發生的原因是李長榮化工在輸送丙烯時外漏約10公噸的丙烯.
丙烯散布在下水道後, 遇火花引起爆炸.
爆炸的範圍有六到十個街區.
消防救災不是我的專業. 我只能從丙烯的特性, 來討論這次的災害.


20140528

生老病死


佛陀釋迦牟尼是一位小國的王子.
他在出家之前, 曾經有一個故事是這樣子的.
有一天他的父王為了希望他可以繼承王位, 所以要他去城裡四處看看.

他走到東門, 看到了一位生產中的婦人, 很痛, 一直到小孩生下來,
產婦不痛了, 但是, 嬰兒卻開始哭了.
他幫不上忙, 覺得很難過, 所以就離開東門, 到了南門.

他在南門看到一位老人,
老人很虛弱, 不能動,
沒有牙齒, 不能吃東西,
眼睛看不清楚
耳朵聽不見
他幫不上忙, 覺得很難過, 所以就離開南門, 到了西門.

他在西門看到一位病人,
病得很嚴重, 痛得哀哀叫, 在地上打滾,
沒有醫生, 也沒有人照顧他,
他幫不上忙, 覺得很難過, 所以就離開西門, 到了北門.

他在北門, 沒有看到活人, 只有一堆因為不同原因而死掉的人.
他依舊幫不上忙, 所以他開始思考.

20130704

誤用國家暴力的警察是人民最大的敵人

台中市有民眾跑到拖吊場, 把警方查扣的機車偷走.
警察局長刁建生為了卸責, 把責任推給"民主".
引 用如下:
--------

20120617

發表文章要付多少錢? 199投到飽!

在目前的研究環境中, 做學術研究的人必需發表研究結果, 才可以獲得資金延續其研究. 
但是, 在大部分的期刊中刊登文章是要付費的. 
這也造成了道德上的兩難, 因為 

20120303

無竹令人俗, 無肉令人瘦.

這個人, 大家一定都認識.



雖然他是個美國人, 但是球打得好, 我不會在乎他的膚色是什麼.
然而, 身為一個生技研發的基層勞動力, 和NBA有什麼關係?

20120107

養雞生蛋業


驐政府大張旗鼓的開記者會,
號稱把台灣第一女總統蔡英文當初參與宇昌投資案的"極機密"文件解密.
結果只拿出了兩張公文, 內容完全沒有提到蔡英文怎麼上下其手的証據.
先不說連驐政府的經建會主委劉憶如都認為沒有違法的事實,
光說有人願意在八個月前冒著土城的風險,
核准一個自己在八個月後得投資一億多, 才能一年賺一千萬的投資案
就讓人覺得匪疑所思.

關於日本核災的學術觀點之二

在Nature Volume 471 Issue 7339 的雜誌裡, 福島核災是放在焦點新聞的類別裡面.
The meltdown that wasn't (核心應該還沒融毀)
這一篇文章大致從媒體報導猜測了核電廠的狀況
然而, 記者也同時指出,
要確認核電廠內現在到底是什麼狀況,
可能要花上好幾年
要靠少數幾個人在破損的福島電廠內, 盡力的防止災害擴大
能做到這個程度, 算是不錯了

其次
關於輻射污染
有另一篇Radiation risks unknown (放射風險仍然未知)
物理學家認為現在評斷輻射衝擊還太早
以前沒有這種狀況, 人們也不知道多少輻射量才是過量
而目前, 專家同意長期影響最可能出現在福島抗輻射鬥士身上
日本提高每人每年可接受輻射劑量提高到250亳西弗 (millisieverts)
也是美國官方認定會出現病徵的標準的五倍

上面這兩篇是在三月二十四日出刊的Nature上刊登的
而經過一個星期
新的文章開始討論
Radioactivity spreads in Japan (放射線活性已經在日本散開了)
監控的結果顯示,
雖然大量的輻射已經擴散到大氣中,
但是危險的污染物主要集中在電廠西北的小區域,
雖然比當初剛爆發時來得低,
但是放射線同位素仍然持續釋放,
而且趨勢無法確定.

其次
要面對的還有
Concerns over nuclear energy are legitimate (關心核能是合理的)
作者認為
專家對核能安全性的保証己經沒有說服力了
福島電廠的災難衍生出了這個實際的問題





20111003

2011年諾貝爾生理醫學獎 (2011 Nobel Prize for Medicine - October 03, 2011)


今天公佈了2011年諾貝爾生理醫學獎的得主,
Bruce A. Beutler (美國), Jules A. Hoffmann (法國)Ralph M. Steinman (美國) 三位共同獲獎.
Beutler 和 Hoffmann 獲獎的原因是他們發現的先天性免疫功能(innate immunity).
而Steinman的獲獎原因則是發現了樹突狀細胞 (dendritic cell) 在適應性免疫 (adaptive immunity) 中的角色.

20110329

關於日本核災的學術觀點

日本311地震所引發的海嘯
壞了福島的核能電廠
使得輻射外洩, 震捍國際
在這一期的Scinece有很大篇幅的相關報導

在Science 25 March 2011:Vol. 331 no. 6024 pp. 1502-1503
標題為
Nuclear Power's Global Fallout (核電的全球輻射)
提供了全世界運行中和建設中的核電廠
許多存在於地震危險地帶, 包括在日本和其他國家
接著
在下一篇
Radiation Risks Outlined by Bombs, Weapons Work, and Accidents (核彈, 武器工作, 和意外的輻射風險描述)
則介紹了二次世界大戢時日本在原子彈爆炸後的倖存者, 以及前蘇聯核子武器工人和三浬島,車諾比的意外受害者不同的受害程度.
接著, 又用一篇Current Designs Address Safety Problems in Fukushima Reactors
講解新的核電廠有那些結構可以防止像福島核電廠產生的災難.
順便再用Fukushima Cleanup Will Be Drawn Out and Costly解說一下要怎麼解決福島核電廠的問題.
同時
列出美國, 巴西, 阿根廷, 英國, 法國, 德國, 印度, 比利時, 中國, 瑞士, 義大利, 俄羅斯, 南韓等國的應對.

核能是專業問題
但是這個專業問題卻是和你我直接相關
在這個災難發生以後
逼得每個人都不得不認真的吸收核能相關的知識
這比理化老師在課堂上講一百遍還有效
雖然現在才開始認真讀化學是有點晚了
但是, 當你了解了碘的特性是什麼了以後
至少不會沒事去買鹽巴回家堆著
因為實際上, 碘鹽對我們台灣這個距離範圍的接觸者而言
是一點用處也沒有的
一則是輻射的強度太低,
二則是碘鹽的碘濃度太低,
三則是碘並非身體快速代謝的成份, 吃多了沒好處, 反而有壞處

我們不能對福島的核能災變提供什麼正面的建設性意見
我們也沒辦法阻止別的核能大國使用這種危險的發電方式
但是, 至少我們可以阻止台灣繼續使用這種危害大自然生存環境的核能發電




20100707

馬爺爺, 朱爺爺, 可以留一口營養午餐給我嗎?

為了怕被貪虎的阿扁比過去
無能的馬英九輸人不輸面,
堅持要把五年五百億撥給各個大學買碳粉匣.
用這筆錢,
也讓我們高高在上的中研院院士朱敬一,
在中研院的院士會議中
大力的要求馬政府應該要實施「彈薪專案」
要從國科會和教育部的補助計畫中, 提出至少十億以上的經費
替各大學的"頂尖教授及研究人員"加薪或換成等值的碳粉匣.
 

20100704

長得很像人, 但是不會說人話的東西

有些人
長得很像人, 但是不是人, 所以說的不是人話
下面有幾個範例, 請不相干的人不要對號入座, 但是歡迎畜牲來對號入座